Када користите СЦР опрему за денитрификацију, треба се придржавати следећих корака:
1) Пре почетка, проверите да ли све компоненте система исправно функционишу, посебно систем за убризгавање амонијака и катализатор;
2) Подесите брзину убризгавања амонијака према брзини протока димних гасова и концентрацији НОк, контролишући клизање амонијака испод 3 ппм;
3) Редовно надгледајте активност катализатора. Када ефикасност денитрификације падне испод 85%, размислите о замени или регенерацији катализатора;
4) Приликом искључивања, прво зауставите убризгавање амонијака, а затим искључите систем. Посебну пажњу треба обратити на ризик од цурења амонијака током рада; мора бити постављен комплетан систем за алармирање и реаговање у ванредним ситуацијама.